ジョウト地方での旅を終えカスミ、タケシと別れた後、サトシとピカチュウは次のリーグに出場するため、海の彼方にあるホウエン地方へやって来た。
しかし、ピカチュウは以前あった騒動の影響で高熱を出してしまう。
サトシはミシロタウンに研究所に持つオダマキ博士に治療を任せるが事態は悪化。
ピカチュウは暴走状態のまま、外に出てしまう。
その頃、近くのトウカシティからやって来た女の子がいた。
その女の子・ハルカは最初のパートナーポケモンを貰いにミシロタウンの研究所に向かっていたが、騒ぎに巻き込まれ……。